Palazzo Petrucci nasce nel 2007.
Il ristorante viene inaugurato in quelle che un tempo furono le stalle dello storico Palazzo Petrucci, in Piazza San Domenico Maggiore, e prende il nome proprio dalla sede che l'accoglieva, luogo storico, da sempre teatro di congiure, segreti e misteri.
Nel dicembre del 2008, un grande traguardo il riconoscimento di una stella Michelin da parte dell'omonima guida: Il primo ristorante stellato a Napoli.
Nel Gennaio 2016, dopo 9 anni di attività in Piazza San Domenico Maggiore, il ristorante cambia sede trasferendosi sulla spiaggia di Villa Donn'Anna a Posillipo, da un palazzo storico ad un altro, aprendosi cosi a nuovi traguardi.